財政部於112年12月11日發布修正《營利事業所得稅查核準則》（下稱本準則）部分條文修正，此次修正主要因應CFC所得制度自112年度施行，增修相關文字，另配合財務會計準則公報、相關法令的變更、財政部發布的解釋令、實務需求，及參酌憲法法庭111 年憲判字第5號判決意旨而修正，謹摘錄重點如下。
一、配合受控外國企業所得課稅制度，自112年度營利事業所得稅結算申報案件適用：
（一）營利事業投資於中華民國境外低稅負國家或地區的關係企業，應依營利事業認列受控外國企業所得適用辦法(以下簡稱營利事業CFC辦法)規定認列投資收益（第30條）。
（二）營利事業處分受控外國企業股份或資本額，其處分損益，應依營利事業CFC辦法辦理。（第32條及第100條）。
二、配合國際財務報導準則(IFRS)、國際會計準則(IAS)及企業會計準則公報(EAS)，修正相關規定, 並自112年度營利事業所得稅結算申報案件適用：
：
（一）因應我國自108年1月1日起以國際財務報導準則第16號（下稱IFRS 16）取代國際會計準則第17號，故修正相關文字。（第36條之2）
（二）有關售後租回之處理，就營利事業採用國際財務報導準則（IFRS）或企業會計準則公報（EAS），分別參照財會準則規定訂定不同處理規定。（修正條文第36條之2）
（三）配合IFRS 16、國際會計準則第40號、企業會計準則公報第20號及第16號，及財政部109年5月22日台財稅字第10904546810 號令規定，定明營利事業承租資產及持有投資性不動產（房屋）之折舊，應以不短於固定資產耐用年數表規定之耐用年數計提之。且若承租資產屬於乘人小客車者， 應比照乘人小客車計提折舊金額不逾250萬或500萬元（經營小客租賃者）等相關規定辦理。（第95條）
三、配合相關法令、財政部釋令及實務需求，修正如下：
（一）配合110年12月17日稅捐稽徵法第44條修正，罰鍰計算方式，由經查明認定之總額 處「5％」修正為「5％以下」。（第23條）
（二）刪除分攤國外總公司或區域總部管理費用應檢附文件須經我國駐外機關驗證的規定。（第70條）
（三）修正放寬搭乘高鐵當日往返之出差，無須檢附票根或購票證明文件得以經手人證明為憑；另外亦放寬搭乘飛機應檢附之證明文件，得以航空公司出具載有旅客姓名、搭乘日期、起訖地點之搭機證明替代之。修正前後國際航線飛機應檢附憑證如下。（第74條）
交通工具 | 修正前條文 | 修正後條文 |
國際航線飛機 | 應以飛機票票根（或電子機票）及登機證與機票購票證明單（或旅行業開立代收轉付收據）為原始憑證；其遺失機票票根（或電子機票）及登機證者，應取具航空公司之搭機證旅客聯或其所出具載有旅客姓名、搭乘日期、起訖點之證明代之；其遺失登機證者，得提示足資證明出國事實之護照影本或其他證明文件代之。 | 1.應檢附證明行程之文件，如機票票根、電子機票或其他證明文件； 2.證明出國事實之文件，如登機證（含電子登機證）、護照影本或其他證明文件； 3.證明支付票款之文件，如機票購票證明單、旅行業代收轉付收據或其他證明文件，作為原始憑證。 4.前述證明行程及出國事實之文件得以航空公司出具載有旅客姓名、搭乘日期、起訖地點之搭機證明替代。 |
高鐵 | 火車、汽車及大眾捷運系統之車資，准以經手人（即出差人）之證明為準；
乘坐高速鐵路應以車票票根或購票證明為原始憑證。 | 火車、汽車及大眾捷運系統之車資，准以經手人（即出差人）之證明為憑。 乘坐高速鐵路應以車票票根或購票證明為原始憑證，其為當日往返者，准以經手人（即出差人）之證明為憑。 |
（四）配合運動產業發展條例第26條之2，增訂透過教育部專戶對職業或業餘運動業及重點運動賽事主辦單位的捐贈費用認列規定，並定明與限額計算公式有關之各項損費，應包含相關法律（如產業創新條例、中小企業發展條例、廢止前嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例、運動產業發展條例、後備軍人召集優待條例等）規定之費用加成或加倍減除金額。（第79條）
| 修正前條文 | 修正後條文 |
捐贈限額計算公式 | 〔經認定之收益總額 （營業毛利、分離課稅收益及非營業收益）－各項損費（但須排除有限額之捐贈費用）〕÷（1＋10%）× 10% | 〔經認定之收益總額 （營業毛利、分離課稅收益及非營業收益）－各項損費（但須排除有限額之捐贈費用）－費用加成或加倍減除〕÷（1＋10%）× 10% |
因為申報書針對加成加倍減除，採「專欄申報」（請見下圖的 132 ～ 136 欄），所以公式須另外減除，才能算出真實課稅所得額。
（五）參考物價指數變動及航港局112年函所列各航線船員之伙食費列支標準，修正一般營利事業、航運業及漁撈業免視為員工薪資所得之伙食費上限金額，其中一般營利事業之免稅伙食費上限金額由2,400元提高至3,000元，並自112年1月1日起適用。（第88條）
（六）增修利息列支規定如下：
1. 興建固定資產及供營業使用之房屋（如投資性不動產、使用權資產）， 於建造期間之利息應資本化
2. 購買供營業使用之房屋及土地，於過戶前之利息應資本化
3. 興建或購買屬存貨及非供營業使用（如閒置資產）之房屋、土地，其利息應以遞延費用列帳，出售時再以費用列支。
4. 如取得之房屋及土地符合所得稅法第4條之4房地合一稅新制規定（即105年1月1日以後取得者），其依上開規定計算之利息資本化或遞延費用，於依同法第24條之5規定(分開計稅或合併計稅)計算所得額時，應按性質分別列為成本或費用。
5. 配合稅捐稽徵法增訂第26條之1，定明申請分期繳納稅款所加計的利息，得以費用列支。（第97條）
有關利息列支修正前後條文如下
修正前條文 | 修正後條文 |
七、因購置土地以外固定資產而借款之利息，自付款至取得資產期間應付之利息費用，應列入該項資產之成本。所稱取得，指辦妥所有權登記之日或實際受領之日；其屬拍賣取得者，指領得執行法院所發給權利移轉證書之日。 | 七、因購置房屋、土地以外固定資產而借款之利息，自付款至取得資產期間應付之利息費用，應列入該項資產之成本。所定取得，指辦妥所有權登記之日或實際受領之日；其屬拍賣取得者，指領得法院或行政執行機關所發給權利移轉證書之日。 |
八、因增建固定資產而借款在建造期間應付之利息費用，應作為該項資產之成本，以資本支出列帳。但建築完成後，應行支付之利息，可作費用列支。所稱建築完成，指取得使用執照之日或實際完工受領之日。 | 八、因興建固定資產（不動產、廠房及設備）及供營業使用之房屋 (投資性不動產出租及使用權資產)而借款，在建造期間應付之利息費用，應作為該項資產之成本，以資本支出列帳；建築完成後，應行支付之利息，可作費用列支。但屬存貨及非供營業使用之房屋(即閒置不動產)，其借款利息應以遞延費用列帳，於房屋出售時，再以費用列支。所定建築完成，指取得使用執照之日或實際完工受領之日。 |
九、購買土地之借款利息，應列為資本支出；經辦妥過戶手續或交付使用後之借款利息，可作費用列支。但非屬固定資產之土地，其借款利息應以遞延費用列帳，於土地出售時，再轉作其收入之減項。 | 九、購買供營業使用之房屋、土地之借款利息，應列為資本支出；經辦妥過戶手續或交付使用後之借款利息，可作費用列支。但屬存貨及非供營業使用(即閒置資產)之房屋、土地，其借款利息應以遞延費用列帳，於房屋、土地出售時，再以費用列支。 |
十三、因土地以外進貨借款所支付之利息，應以財務費用列支，不得併入進貨成本計算。 | 十三、因房屋、土地以外進貨借款所支付之利息，應以財務費用列支，不得併入進貨成本計算。 |
十七、依所得稅法第六十八條規定補繳暫繳稅款所加計之利息，及依同法第一百條之二規定，因結算申報所列報之各項成本、費用或損失超限經核定補繳稅款所加計之利息；依稅捐稽徵法第三十八條規定行政救濟程序確定應補繳稅款所加計之利息，及依同法第四十八條之一規定，自動補報並補繳漏稅款所加計之利息；各種稅法規定加計之滯納利息，得以費用列支。 | 十七、依所得稅法第六十八條規定補繳暫繳稅款所加計之利息，及依同法第一百條之二規定，因結算申報所列報之各項成本、費用或損失超限經核定補繳稅款所加計之利息；依稅捐稽徵法第二十六條之一規定申請分期繳納稅款所加計之利息、同法第三十八條規定行政救濟程序確定應補繳稅款所加計之利息，及依同法第四十八條之一規定，自動補報並補繳漏稅款所加計之利息；各種稅法規定加計之滯納利息，得以費用列支。 |
在這次查準修正前，購置或興建房屋所發生的利息，究竟能否作為當年度費用列支，實務上屢有爭議。
建設公司興建之房屋，性質上屬於存貨而非固定資產，故依據修正前查核準則第 97 條第 13 款之規定「因土地以外進貨借款所支付之利息，應以財務費用列支，不得併入進貨成本計算。」建築融資屬於土地以外的進貨借款，其利息似可於發生當年度認列為財務費用。但國稅局過去曾發布過新聞稿主張建設公司興建建物出售，建造期間向銀行融資專案借款之利息費用應歸屬建物成本，即在建物完成並取得使用執照前應予資本化，作為在建工程成本。因此，本次修正將房屋部分都考慮進去，基本上非屬固定資產的房屋利息支出，都應以遞延費用列帳，再於出售時轉列費用。相信未來有關房屋的利息支出應否資本化或得以費用列支的爭議將不會再有。
四、配合憲法法庭111年憲判字第5號判決意旨明定盈虧互抵之範圍（第111條之2）
必須抵減(第一項) | 無須抵減(第二項) |
一、依所得稅法第42條規定不計入所得額之投資收益。 二、依獎參條例第28條規定免納營利事業所得稅之所得額。 三、依促參法第36條規定免納營利事業所得稅之所得額。 四、依其他法律規定，於計算課稅所得額時減除免徵或免納營利事業所得稅之所得額，且損失自課稅所得額減除者，該免徵或免納營利事業所得稅之所得額。 | 一、依所得稅法第四條第一項第十六款、第四條之五第一項第二款至第四款規定免納所得稅之土地及土地改良物交易所得額。 二、依所得稅法第四條之一及第四條之二規定停止課徵所得稅之證券及期貨交易所得額。 三、依企業併購法第四十四條規定免徵營利事業所得稅之所得額。 四、依國際金融業務條例第十三條、第二十二條之七第一項及第二十二條之十六第一項規定免徵營利事業所得稅之國際金融業務分行之所得額、國際證券業務分公司之所得額及國際保險業務分公司之所得額。 五、依其他法律規定，於計算課稅所得額時減除免徵或免納營利事業所得稅之所得額，惟損失不得自課稅所得額減除者，該免徵或免納營利事業所得稅之所得額。 |
五、紓困補貼收入亦屬查準第 111 條之 2 第 1項之必須抵減項目嗎?
然而，依據會計研究月刊113年4月號P58資料，財政部日前 發出 112.12.25 台財稅第11201000370號函回覆某營利事業，說明紓困補貼收入亦應屬查準第 111 條之 2 第 1項之必須抵減項目。所謂紓困補貼收入，為營利事業依紓困條例取得之各項補助，依紓困條例第 9 條之 1 規定為免稅收入。
財政部 112.12.25 書函提及，由於紓困補貼收入雖為免稅收入，但其必要成本與費用可核實認列，因此引用查準第 111 條之 2 第 1 項第 4 款規定，認為其成本費用可自應稅所得中減除，將擴大虧損金額，因此紓困補貼收入亦應自虧損額中抵減。此見解對已受疫情影響而領取補助，且又虧損的企業來說，無疑是雪上加霜。
舉例來說（如下圖），乙公司當年度營業淨利 －300 萬元，有紓困補助 400 萬元，因紓困補助免課所得稅，故於自行依法調整欄位減列。
| 帳 載 所 得 | 自 行 依 法 調 整 |
33營業淨利 | -300 | -300 |
44其他收入(紓困比住) | 400 | 0 |
53全年所得 | 100 | -300 |
59課稅所得 | -300 |
依照財政部 112.12.25 書函，紓困補貼收入雖為免稅收入，但其必要成本與費用可核實認列，將擴大虧損金額，因此紓困補貼收入應自虧損額中抵減。所以本題可供以後年度盈虧互抵之虧損金額之答案為「0」（因虧損 300 萬應先抵減紓困補助 400 萬元）。
如此一來，對虧損公司來說，由於虧損須先抵減紓困補助收入，無法享有免納所得稅實益，反而有懲罰虧損公司之慮。