財政部於113.11.01公告台財稅字第11304553700號令，規範「營利事業逾期繳納應納稅額情節輕微適用盈虧互抵規定」，請詳下解釋函令：
一、依所得稅法第71條第1項、第75條第1項與第2項及第76條第1項規定，營利事業應於每年所得稅結算申報期限內，遇有解散、廢止、合併或轉讓情事時，應於當期決算申報或清算申報期限內，依規定辦理相關所得稅申報，計算其應納稅額，於申報前自行繳納，並檢附自繳稅款繳款書收據依限辦理所得稅申報。爰營利事業使用藍色申報書或委託會計師查核簽證，應依上開各規定於法定申報期間內自行繳納應納稅額，並辦理所得稅申報，始符合所得稅法第39條第1項但書盈虧互抵規定「如期申報」要件。
二、營利事業逾期繳納上開申報應自行繳納稅額，惟未符合稅捐稽徵法第20條第1項應加徵滯納金規定者，得視為情節輕微，仍符合「如期申報」及「使用藍色申報書或經會計師查核簽證」要件可依所得稅法第39條第1項但書規定適用盈虧互抵。
三、本令發布時，尚未核課確定案件，得適用本令規定。
佳明觀點:
依所得稅法第39條第1項規定：「以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。」
最高行政法院曾判決認為所得稅法第39條第1項但書盈虧互抵中之「如期申報」要件，並不包含要求納稅人「如期繳納」稅款，故最終判決該案納稅義務人雖逾期繳納稅款，仍得適用所得稅法第39條第1項但書盈虧互抵之規定。
惟觀察上揭財政部新頒之解釋函令，雖將逾期繳納應納稅額但未達加徵滯納金規定者（註：每逾3日按滯納稅額加徵1%滯納金），得視為情節輕微，仍符合「如期申報」要件，係對營利事業為有利解釋。但仍將「如期繳納稅款」解釋為「如期申報」的一部分，逾法定期限3日以上始繳納稅款，恐仍不符合「如期申報」要件而無法適用盈虧互抵。
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